После упразднения монастыря в 1764 г. шатровая Преображенская церковь стала приходской церковью сёл Спасское и Тушино. При ней была устроена деревянная трапезная, которую в 1804-1808 г. разобрали, а на её месте построили новую, более вместительную каменную трапезную. С западной стороны к трапезной пристроили также каменную многоярусную колокольню. В 1849 г. трапезную несколько перестроили, устроив алтарь и разместив в ней придел во имя преп. Сергия Радонежского.

Многочисленность прихода требовало большего помещения церкви, поэтому неизбежно встал вопрос об расширении или перестройке. Прихожан также тревожила ветхость старинной церкви и опасность её обрушения вместе с оползанием берега реки, на самом краю которого она оказалась по прошествии трёх столетий от её основания. В конце 1870 г. было принято решение о строительстве новой каменной церкви в селе Спасском - в стороне от первой и вдали от опасного обрыва берега - на противоположном и ближнем к селу Тушино конце главной улице села Спасское.

Автором проекта новой Преображенской церкви села Спас-Тушино явился архитектор Палаты государственных имуществ Владислав Осипович Грудзинский. Вскоре после утверждения проекта, в 1875 г. кирпичную трапезную и колокольню старинной церкви разобрали до основания, а кирпич использовали на сооружение ограды вокруг новой церкви. Митрополит Московский и Коломенский Иоанникий лично освятил Спасо-Тушинский храм, в день праздника Преображения 6 августа 1886 г. На колокольне висело 6 колоколов: большой был отлит в 1821 году, остальные в период постройки храма. Роспись внутри храма отсутствовала. В это время настоятелем храма был Николай Александрович Буравцев. В 1890 г. он сильно заболел и ушел за штат, а новым священником стал его зять - священник Василий Другов. После его смерти настоятелем Преображенского храма был сын Николая Буравцева - священник Сергий Буравцев.

К 1917 году село Спас-Тушино превратилось в крупный промышленный центр текстильной промышленности. Разрастался фабричный посёлок, земледелие отходило на второй план. Перемены в жизни села отразились и на церкви: её земля была национализирована. В 1930 году Тушино стал крупным промышленным центром - построили предприятия тяжёлой промышленности, открылся аэродром. После Сергия Буравцева священником был его сын - Александр Буравцев, а после него настоятелем храма стал Александр Соколов. В 1935 году храм был закрыт и осквернён. Последние служащие священники репрессированы и в 1937 году расстреляны. Александр Буравцев расстрелян и захоронен в Бутово. Место расстрела и захоронения Александра Соколова уточняется, он был реабилитирован в 1989 г.

Храм в Спас-Тушино в течение ряда лет использовался под клуб. В 1956 году на просьбу местных жителей о передаче храма верующим власти ответили взрывом колокольни. Тогда же был снесён главный купол. Последний арендатор храма - ремонтно-строительное управление - превратило территорию вокруг него в свалку, а церковь разгородило на множество клетушек.

В 1990 г. в Тушино возобновилась приходская жизнь. Настоятелем храма назначен священник Фёдор Соколов. 11 июня во дворе служили панихиду на сороковой день кончины Патриарха Пимена, молебен перед иконой Божией Матери "Всех скорбящих Радость", которая была найдена на улице. 17 августа, накануне праздника Преображения Господня, Святейший Патриарх Московский и Всея Руси Алексий совершил освящение храма и его главного престола (первый в Москве храм, осв. им после возведения в патриарший сан). 17 декабря 1991 г. в пределах уже стояли иконостасы, а в центральном пределе создавалась уникальная мозаичная композиция.

Служение о. Фёдора в Преображенском храме привлекало новых прихожан и храм быстро наполнялся верующими. При храме открылась воскресная школа, певческие курсы, проводилась работа с заключёнными, наладилась крепкая связь с армией. 21 февраля 2000 г. трагически погиб в автомобильной катастрофе священник Фёдор Соколов. Его могила находится перед алтарём храма.

В настоящее время настоятелем храма является преподаватель Московской Духовной семинарии протоиерей Василий Воронцов. В храме продолжает работать воскресная школа, певческие курсы, группа по связи с тюрьмами.

В приходе работает группа милосердия. Область деятельности группы милосердия очень разнообразна: беспризорные дети, подростки, многодетные семьи, инвалиды, престарелые.

Святыня — мироточивый Животворящий Крест Господень. Приписан домовый храм иконы Божией Матери «Споручница грешных» при Краснопресненской пересыльной тюрьме.